乳酸菌与肠道菌丛

对于无菌饲养的动物(gnotobiotic animal)而言，只要10个沙门氏杆菌(Salmonella enteritidis)便足以令其致命，但对于野生生长的动物(conventional animal)则须要一百万个这样的菌，才能将其杀死，初生动物若一开始便接触到野生环境的复杂菌相，其防御力相对提高，但若一直由母体小心饲育，则其体内微生物相不足，防御力相形减弱，若于此时给予适当的益生菌，则可回复应有的防御力，依此种种显示了肠内菌存在的重要性。
人类肠内所分布的菌相，至目前尚未完全被分离鉴定出来，据估计约有400种以上的菌种存在，其中30~40种构成99%的菌量，且厌氧菌较好氧菌占优势，约多102~104倍。而肠道内不同区域菌相之分布亦受居住环境、生理及膳食等因子影响而各有不同，随着胃及肠内pH的不同转换及含氧量变化(厌氧程度渐增)，显示出不同优势菌群及菌量的替换，科学家研究显示双歧杆菌属(Bifidobacterium sp.)及乳酸乳杆菌属(Lactobacillus sp.)等对健康正面影响远超过负面影响。
益生菌的补给对肠内菌相处于不稳定状态的新生儿及接受抗生素、辐射性治疗或痢疾感染的病患，较容易有效达到重建肠内菌相的目的，因原生保健性菌种可很快的与后天入侵的菌群竞争或弥补因治疗、生病导致的菌相不平稳现象。但就菌相呈稳定状态的健康成人而言，益生菌欲与已定殖存在的菌相竞争是困难的事，可行的最佳方法乃持续食用益生菌。