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乳酸菌的免疫调节机能极受重视,一般认为和其菌体表面多糖成分有关,究竟乳酸菌菌体或其生产物质如何透过小肠上皮细胞而影响宿主之免疫系统?虽然其机转仍不十分清楚,但已有研究显示乳酸杆菌等细菌菌体能通过肠壁上的Peyer patch区域而进入血液或淋巴系统。另一方面,也许这些乳酸菌或其生产物质根本不必离开肠道,即可调节免疫反应,最近发现肠细胞在接触到某些细菌菌体时,即会增加如interleukin 8,tumour necrosis factor 白细胞介素-8(又称为趋化因子CXCL8是巨噬细胞和上皮细胞等分泌的细胞因子)肿瘤坏死因子基因之表现,而这些物质已知能活化巨噬细胞,因而增进免疫反应。