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乳酸菌在食品领域最大之应用为酦酵乳品之制造,另外在各种火腿等肉制品之制造,也常添加乳酸菌,以加强保存性及风味,各种腌制品、酱油、面包的制造过程中,乳酸菌也扮演重要角色。
将多种蔬果榖类豆类混合以乳酸菌、酵母菌等微生物长时间发酵熟成,所制成的产品近年来非常流行。我国的市场上,也有多种此类产品流通,许多产品皆冠以「酵素」名称,例如大高酵素、寿酵素、等。此类制品被当作保健食品,强调整肠、保肝、防癌、强身、增进免疫等机能。